Bay to Breakers traverse San Francisco d'est en ouest, de la baie jusqu'aux rouleaux du Pacifique. Le parcours est urbain, sur route, et enchaîne les quartiers du centre avant de rejoindre les grands espaces verts de la ville puis la côte. Le relief de San Francisco se rappelle au coureur dans la première partie du tracé, avec des montées franches mais courtes.
La course fait partie du patrimoine sportif et festif de la ville : c'est une course costumée historique, où une partie du plateau court déguisée. Trois options figurent au programme : le 12K, un 15K Breakers Bonus pour ceux qui veulent allonger, et le Centipede, format par équipe.